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I detective del Dipartimento della Polizia di Gotham City, guidati dal capitano Sarah Essen, il giovane James Gordon (detto Jim), e il suo nuovo partner Harvey Bullock, vengono ingaggiati per risolvere uno degli omicidi più sconvolgenti e di alto profilo a cui Gotham abbia mai assistito: l'assassinio di Thomas e Martha Wayne. Durante la sua indagine, Gordon incontrerà il figlio dei Wayne, Bruce, ora sotto la tutela del maggiordomo Alfred Pennyworth, che darà informazioni utili a Gordon per trovare il killer. Lungo il suo cammino da detective, Gordon dovrà confrontarsi con diversi boss della mafia (alcuni dei quali appartenenti alle storyboard originali, come Carmine Falcone e Sal Maroni, altri inventati per la serie come Fish Mooney o Butch Gilzean), e con quelli che saranno i futuri supercattivi dell'universo di Batman, tra i quali Selina Kyle (la futura Catwoman), Oswald Cobblepot (detto Pinguino), Edward Nigma, Ivy Pepper, Harvey Dent e Jonathan Crane coloro che, rispettivamente, diverranno l'Enigmista, Poison Ivy, Due Facce e lo Spaventapasseri.